專營電子支付機構對儲存於專用存款帳戶銀行之支付款項，應依本辦法規定配合專用存款帳戶銀行辦理存管、移轉、動用及運用作業。
專營電子支付機構、管理銀行及清算銀行辦理跨機構間支付款項帳務清算作業，應符合金融資訊服務事業所訂定之營業規章。