為處理試辦通航相關事務，行政院得在金門、馬祖設置行政協調中心，其設置要點由行政院定之。
交通部為協調海關檢查、入出境證照查驗、檢疫、緝私、安全防護、警衛、商品檢驗等業務與相關之管理事項，得設置離島兩岸通航港口檢查協調中心；其設置要點，由交通部另定之。