保護區劃設之範圍，主管機關除考量第二條各款之條件外，亦應斟酌該區域之可管理性，包括可及性、是否適於進行監測與執法等，並會商有關機關，依個案認定必要範圍後為之。
前項劃設範圍，涵蓋海域之水表、水體、海床及其底土，及內陸水域之水表、水體、水底及其底土之整體環境。