各目的事業主管機關、地方政府、民間團體、學術或專業機構或個人，認特定水域範圍內列冊及管理之水下文化資產及其脈絡具第二條各款情形之一者，得向主管機關提出保護區劃設建議（以下簡稱劃設建議）。
主管機關應就劃設建議所備之書圖文件及其內容進行審查；內容不完備而可補正者，得請其補正。
審查通過者，主管機關得納入保護區建議名單或轉送審議會審議。