典藏研究及檔案中心掌理事項如下：
一、典藏制度與管理作業之擬訂及執行。
二、威權統治時期政治案件文獻檔案蒐集、典藏、整飭及研究。
三、臺灣與國際相關政治人權史料文物蒐集、典藏及出版。
四、圖書資訊業務管理及諮詢。
五、典藏品管理、應用、保存、維護及修護。
六、典藏設施規劃、維護及環境安全管理。
七、其他有關典藏研究及文獻檔案資料事項。