國家人權博物館（以下簡稱本館）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
館長綜理館務，並指揮、監督所屬人員；副館長襄助館長處理館務。
本館設下列組、室、中心：一、綜合規劃組。
二、展示教育組。
三、典藏研究及檔案中心。
四、人事室。
五、主計室。
六、白色恐怖綠島紀念園區管理中心。
七、白色恐怖景美紀念園區管理中心。
綜合規劃組掌理事項如下：一、本館館務整體發展計畫之研擬及推動。
二、本館公共關係及整體形象拓展。
三、觀眾服務整體發展計畫之研擬及推動。
四、導覽設施與服務整合計畫之規劃及推動。
五、政治受難者關懷服務。
六、文書、檔案、印信、出納、庶務、採購、財產管理、研考及法制。
七、不屬其他各組、室、中心事項。
展示教育組掌理事項如下：一、展示計畫之擬訂、策劃及執行。
二、展場空間與設施之規劃、協調、整合。
三、人權教育之課程研發及推廣。
四、威權統治時期不義遺址之串聯及相關活化協助。
五、館際交流合作及協助當代人權理念實踐推廣之組織發展。
六、其他有關展示教育事項。
典藏研究及檔案中心掌理事項如下：一、典藏制度與管理作業之擬訂及執行。
二、威權統治時期政治案件文獻檔案蒐集、典藏、整飭及研究。
三、臺灣與國際相關政治人權史料文物蒐集、典藏及出版。
四、圖書資訊業務管理及諮詢。
五、典藏品管理、應用、保存、維護及修護。
六、典藏設施規劃、維護及環境安全管理。
七、其他有關典藏研究及文獻檔案資料事項。
白色恐怖綠島、景美紀念園區管理中心掌理事項如下：一、園區保存及營運管理。
二、園區營繕工程規劃、管理及維護。
三、園區機電設備、景觀環境規劃、設計、管理及維護。
四、園區資訊（影像多媒材）規劃、設計、管理及維護。
五、園區志工組織、培訓及管理。
六、園區場地租借、博物館商店管理。
七、其他有關園區管理中心事項。
本館處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。