各級主管機關得視預算經費、水體水質或水質管理需求，增減監測站位置、監測項目及頻率。
各級主管機關應至少每三年依歷年水質監測結果及水污染整治需要，考量水域環境地理特性、水體水質特性及現況，就水質監測採樣之地點、項目及頻率予以檢討；必要時，得調整之。