中央主管機關於每年四月依直轄市、縣（市）主管機關前一年水污染防治績效考核結果核算分配百分比（附表一），乘以當年提報水污染防治執行計畫之重點工作預算編列情形評定之係數（附表二），據以計算次一年水污染防治費撥交比率。
中央主管機關於直轄市、縣（市）轄區內徵收水污染防治費總額乘以前項撥交比率核算結果，即為該直轄市、縣（市）主管機關應得之款項。