環境衛生及毒物管理處掌理左列事項：
一、關於環境衛生管理政策及法規之研訂事項。
二、關於環境衛生管理之策劃、指導及監督事項。
三、關於天然災害環境污染防治之策劃、指導及監督事項。
四、關於毒性化學物質管理政策、法規之研訂及毒性化學物質之管制事項。
五、關於環境毒物之研究及調查事項。
六、關於環境衛生用藥及環境衛生用生物製劑之管制事項。
七、關於其他環境衛生及毒性化學物質管理事項。