本署就主管事務，對於直轄市、縣（市）政府之命令或處分，認為有違背法令或逾越權限，或應執行法令而不執行者，得報請行政院停止、撤銷或處理之。
但情事緊急時，本署得發布署令先行停止、撤銷或處理之。