中央流行疫情指揮中心（以下簡稱指揮中心）成立期間，區指揮官應依指揮中心指揮官指示，統籌指揮、協調及調度下列事項；區副指揮官襄助之：
一、轄區病例研判、疫情調查、醫療機構感染管制及其他相關事項。
二、轄區醫院、病床、人力之指定、徵用、徵調及各項調度。
三、啟動轄區醫療機構隔離治療傳染病病人。
四、跨直轄市、縣（市）發生疫情時，協助指揮中心調度傳染病資源，進行應變工作。
五、協助規劃疫後之復原工作。
六、其他經指示辦理之事項。