本辦法依傳染病防治法（以下簡稱本法）第十四條第四項規定訂定之。
中央主管機關於各傳染病防治醫療網區得指定指揮官、副指揮官各一人。
區指揮官應依中央主管機關指示，辦理下列事項；區副指揮官襄助之：一、審查傳染病防治醫療網各區之相關計畫。
二、輔導、考核地方主管機關、醫療院所有關傳染病防治事項。
三、其他經指示辦理之事項。
區指揮官得邀集醫療、感染管制、公共衛生等專家、學者及相關地方主管機關代表，提供該區傳染病防治事項之諮詢意見。
中央流行疫情指揮中心成立期間，區指揮官應依中心指揮官指示統籌指揮下列事項；區副指揮官襄助之：一、轄區病例研判、疫情調查、醫療機構感染管制等事宜。
二、轄區醫院、病床、人力之指定、徵用、徵調及各項調度。
三、啟動醫療機構作為傳染病病人隔離治療之用。
四、其他經指示辦理之事項。
為收治需隔離治療之傳染病病人，主管機關得指定隔離醫院，並自其中指定應變醫院。
前項醫院之指定作業程序，得以下列方式之一為之：一、由地方主管機關就轄區特性、醫療設施分布，醫院軟硬體及收治量能等，選擇適當之醫療院所指定為隔離醫院；並得依轄區特殊防疫需要，指定應變醫院。
二、由區指揮官就網區醫療資源分配，自前款隔離醫院名單中選擇適當之醫療院所，送請中央主管機關指定為應變醫院。
三、由中央主管機關逕予指定。
隔離醫院應聘有台灣感染症醫學會認定之感染症專科醫師或中央主管機關認可之醫學會專科醫師。
隔離醫院收治傳染病病人之原則如下：一、第一類及第五類傳染病病人，以收治於應變醫院為原則。
二、第二類、第三類及第四類傳染病病人；必要時，得收治於隔離醫院。
前項醫院於未發生傳染病疫情時，傳染病隔離病房得移作一般病房使用。
中央流行疫情指揮中心成立期間，收治病人之地點應依中心指揮官之指示辦理。
隔離醫院之指定，有效期間為三年，期滿得展延一次或重新指定。
隔離醫院有下列情事之一者，中央主管機關得變更或廢止其指定：一、隔離病房未符合第六條第二項第二款規定。
二、未符合第七條規定。
隔離醫院對於主管機關之傳染病防治醫療網政策、隔離病房之設施、設備、防護器材及作業品質之查核，均應充分配合。
地方主管機關及應變醫院於平時應對可運用之人力、物力、設施及交通運輸工具等，進行建檔及動員規劃，並得實施演習驗證之。
於中央流行疫情指揮中心成立期間，隔離醫院應依中心指揮官或區指揮官指示優先收治傳染病病人，並於必要時進行啟動。
前項期間，各級醫療院所及中心指揮官指示設立之隔離場所，應配合傳染病防治醫療網之運作。
區指揮官經評估有啟動隔離醫院或請求跨區協助支援時，應以書面報經中心指揮官同意；遇有緊急狀況時，得先以口頭報准，並於啟動後三日內補送書面。
啟動之解除，以中心指揮官指示之日期或中央流行疫情指揮中心解散當日為解除日。
指揮中心得先口頭通知被啟動醫院，並於啟動解除後三日內補送書面。
主管機關對於應變醫院之人員訓練、演習、隔離病房之設施、設備購置及其維護費用等，得酌予補助。
隔離醫院依前條規定啟動收治傳染病病人致影響營運時，中央主管機關得補助其與前一未被啟動年同期全民健康保險總醫療費用之差額。
前項補助期間，以啟動當月起至啟動解除當月後三個月為止。