本辦法中華民國九十七年十月六日修正施行前已設立於醫療機構或醫療法人、其他法人所設醫療機構院區內之機構，不受第十一條第一項規定之限制。
本辦法中華民國九十七年十月六日修正施行前已擔任機構之負責人者，其資格不受第十二條第二項規定之限制。
但機構遷移、許可服務量或床位數增加、總樓地板面積擴增時，應依第十二條第二項規定辦理。
本辦法中華民國一百十三年十二月十四日修正施行前，已領取開業執照並開業者，得繼續經營業務，不受應申請設立許可規定之限制。