本署設下列組、室：
一、企劃組，分四科辦事。
二、癌症防治組，分三科辦事。
三、慢性疾病防治組，分三科辦事。
四、婦幼健康組，分四科辦事。
五、社區健康組，分四科辦事。
六、菸害防制組，分三科辦事。
七、監測研究及健康教育組，分三科辦事。
八、秘書室。
九、人事室。
十、政風室。
十一、主計室。