第29條違反第十四條第一項規定，未經主管機關許可，擅自排放非農田之排水者，處新臺幣三萬元以上六十萬元以下罰鍰。依第十四條第二項許可排放非農田之排水，不符合灌溉水質基準值者，處新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。前項行為人屬主管機關公告之事業者，處新臺幣三千元以上六十萬元以下罰鍰。有前三項所定情形之一，且有危害農業產業、生物安全或人體健康之虞者，得加重其罰鍰最高額至新臺幣二千萬元。依前四項規定處罰者，主管機關並得令其限期改善；屆期未完成改善者，並得按次處罰。情節重大者，得廢止其排放許可。