活魚運搬船出港後，漁業人應於資訊系統上傳其與養殖漁民或中轉場負責人簽訂之共同合作運搬養殖活魚紀錄表（附件三）並辦理核銷作業，經中央主管機關審核通過後，始得申請下航次裝卸清單。
活魚運搬船屬第十一條第八款漁船運搬養殖活魚目的為國內上市或第十二條運搬養殖活魚至大陸或香港地區者，除前項應檢附文件外，並應另上傳依第十三條第一項規定辦理留樣魚貨之照片。