本辦法依漁業法（以下簡稱本法）第五十四條第五款規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、養殖活魚：指養殖漁民生產，且為活體型態之魚、蝦、貝類或中華鱉（甲魚）。
二、活魚運搬船：指依本辦法規定申請許可，供作運搬養殖活魚使用之漁船。
三、養殖漁民：指每年完成養殖漁業放養申報或經中央主管機關查報登錄有案之實際從事養殖漁業者。
四、海上箱網養殖地點：指主管機關核發箱網養殖區劃漁業權執照所載之漁場位置。
活魚運搬船限運搬與該船漁業人簽訂共同合作運搬同意書之養殖漁民自行生產之養殖活魚。
前項活魚運搬船運搬石斑魚至大陸地區，其生產之養殖場，應以經中央主管機關對其生產作業管理事項審核通過，並登錄合格名單者為限。
活魚運搬船之國內裝卸港口，以臺南市安平漁港、臺南市將軍漁港、高雄市旗津漁港、高雄市興達漁港、屏東縣東港鹽埔漁港、屏東縣枋寮漁港、屏東縣小琉球漁港、澎湖縣馬公漁港、澎湖縣七美漁港及澎湖縣竹灣漁港為限。
但中央流行疫情指揮中心宣布大陸或香港地區為旅遊疫情建議等級第三級警告地區時，以高雄市興達漁港及屏東縣東港鹽埔漁港為限。
活魚運搬船運搬養殖活魚至臺灣本島及澎湖以外地區者，以大陸或香港地區為限。
活魚運搬船運搬養殖活魚至大陸地區者，應依臺灣地區漁船航行至大陸地區許可及管理辦法規定，申請航行至大陸地區之許可。
活魚運搬船自大陸或香港地區回航時，不得裝載任何物品，並應直接航行至原出港之漁港進港及接受海岸巡防機關檢查，航行中不得靠岸或停靠海上箱網養殖地點。
有第一項但書規定情形時，活魚運搬船漁業人及漁業從業人應遵守中央主管機關依中央流行疫情指揮中心指揮官指示，實施應變處置或措施。
前項應變處置或措施，由中央主管機關公告之。
漁業人或漁船有下列情形之一者，不得申請漁船作為活魚運搬船：一、最近三年內涉及偷渡或走私案件，經主管機關依本法處分。
二、有本法第七條之一第四款至第七款情事之一。
三、僱用大陸船員。
四、經依第十五條或第十六條規定，廢止作業許可未滿二年。
前項第一款所稱走私案件，不包括運搬養殖魚貨出口者。
申請漁船作為活魚運搬船之漁業人，應填具申請書並檢附下列文件向主管機關申請籌辦許可，經審查通過後，發給籌辦許可文件：一、特定漁業執照影本。
二、漁船總噸位未滿二十者，檢附小船執照影本；二十以上者，檢附船舶檢查紀錄簿及船舶檢查證書影本。
三、漁船設計圖說四份，並標示養殖活魚裝載艙間。
四、驗船機構或造船技師簽證符合航行安全結構穩度之認可文件三份。
前項漁船須改造船體者，應依本法施行細則第六條規定申請漁船改造。
經核准改造作為活魚運搬船者，其改造後增加之噸數得免補足汰舊噸數，亦不得作為汰舊噸數使用；另丈量後總噸位超過一百時，不受漁船建造許可及漁業證照核發準則第十七條第二項限制。
第一項籌辦許可期間為六個月。
申請漁船作為活魚運搬船應裝設經中央主管機關指定之船位回報器（VMS）。
漁業人應於籌辦許可期間內，檢附下列文件向主管機關申請作業許可，經審查通過後，發給作業許可文件：一、漁船全側面、船艏及船艉正面彩色相片各一張，該照片需具清晰之統一編號、船名及駕駛室外觀已張貼或髹漆養殖活魚運搬船字樣之明顯標識。
二、特定漁業執照正本。
三、經財團法人中華民國對外漁業合作發展協會測試主動回報船位合格之證明文件。
四、取得籌辦許可文件後，航政機關或交通部授權之驗船機構核發之特別檢查證明文件影本。
漁業人依前項第一款規定應於駕駛室外觀標識養殖活魚運搬船字樣之規格如附件。
主管機關發給第一項作業許可文件，應於申請人之特定漁業執照上加註許可從事養殖活魚運搬業務之起迄期間，及該期間內不得從事原特定漁業，並副知海岸巡防機關、中央主管機關及第四條第一項所定國內裝卸港口之主管機關。
第一項作業許可期間，不得逾原領特定漁業執照有效期間。
活魚運搬船作業許可期間屆滿前，漁業人得檢附前條第一項第一款至第三款文件、船舶檢查紀錄簿及船舶檢查證書影本，向主管機關重新申請作業許可。
活魚運搬船漁業人應於每航次出港前，於行政院農業委員會漁業署資訊系統填報並列印裝卸清單，於進出漁港時，由海岸巡防機關檢查。
前項裝卸清單內容如下：一、漁船及船員資料。
二、已簽訂共同合作運搬同意書之養殖漁民基本資料、裝載養殖活魚種類及數量。
三、裝載港口或海上箱網養殖地點。
四、出港日期。
五、卸魚港口，包括國內、大陸或香港地區港口，或海上箱網養殖地點。
六、預計卸魚時間。
活魚運搬船運搬養殖活魚至大陸或香港地區港口者，漁業人應於每月十日前向中央主管機關申報前一月每航次出港之裝卸清單、魚貨交易證明及共同合作運搬同意書。
活魚運搬船出港前，應向當地漁業通訊電臺（以下簡稱通訊電臺）通報出港，並啟動船位回報器，經海岸巡防機關向通訊電臺查詢並獲確認其船位回報器在開啟及正常運作狀態，始得出港。
活魚運搬船出港後，需維持船位回報器於開啟狀態及每二小時向通訊電臺回報船位；返港後應向通訊電臺通報，始得關閉船位回報器。
通訊電臺無法收到船位回報資料時，應即通報主管機關，主管機關應命該活魚運搬船返港修復，在未返港前，應以通訊設備每二小時向通訊電臺通報船位；進港後未完成修復船位回報器前，不得出港。
活魚運搬船漁業人及漁業從業人不得有下列行為：一、僱用大陸船員。
二、運搬非活體型態之魚貨或第二條第一款所定養殖活魚以外之水產動植物。
三、運搬未簽訂共同合作運搬同意書養殖漁民之養殖活魚或運搬石斑魚，其生產之養殖場不符第三條第二項規定。
四、運搬與放養申報或查報資料不符之養殖活魚。
五、運搬非由養殖漁民自行生產之養殖活魚。
六、於未經核准之港口或海上箱網養殖地點裝、卸養殖活魚。
七、收取費用經營運送業務。
八、變更船身養殖活魚運搬船之標識。
九、於活魚運搬船作業許可期間，從事運搬養殖活魚以外之行為。
活魚運搬船漁業人自行終止活魚運搬業務，或作業許可期間屆滿後，不繼續從事活魚運搬業務時，應依本法施行細則第六條規定完成漁船改造後，始得重新申請換發原特定漁業執照。
前項總噸位未滿一百之漁船經改造後超過一百者，應回復至總噸位未滿一百。
第四條第四項及第十條第一項所定活魚運搬船進出漁港之檢查，由中央主管機關委託海岸巡防機關執行。
活魚運搬船漁業人或漁業從業人有下列情形之一者，依本法第六十五條第八款規定處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰；情節重大者，廢止其作業許可：一、違反第十條第一項或第三項規定。
二、違反第十一條規定。
三、違反第十二條第二款至第四款或第七款規定之一。
活魚運搬船漁業人或漁業從業人有下列情形之一者，依本法第十條規定處分，並得廢止其作業許可：一、違反第四條第四項規定。
二、違反第十二條第五款、第六款、第八款或第九款規定之一。
活魚運搬船漁業人或漁業從業人未遵守第四條第五項規定之應變處置或措施者，依本法第六十五條第八款規定，處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並得依本法第十條規定處分。
活魚運搬船漁業人或漁業從業人有下列情形之一者，廢止其作業許可：一、從事走私或偷渡，經主管機關依本法撤銷，或收回漁業證照、幹部船員執業證書或漁船船員手冊三個月以上。
二、違反第十二條第一款規定。
本辦法自發布日施行。
但中華民國一百零六年三月十四日修正發布之第三條第二項，其施行日期，由中央主管機關定之。