秘書室分設三科，各科掌理下列事項：
一、文書科：
（一）文書收發分配、繕校及檔案管理。
（二）印信典守事項。
（三）主管會報議案之彙整、紀錄、協調及辦理事項。
（四）公文稽催及管制。
（五）出國人員報告之稽催、評核及函送。
（六）漁業圖書及出版品管理。
（七）其他不屬於各組、室事項。
二、事務科：
（一）營繕工程、物品器材、圖書文具報表之採購、印製、分發及保管。
（二）辦公廳及財產之管理。
（三）車輛、油脂、車庫之管理及電話、水電之保養維護。
（四）辦公廳舍及警衛之監督及管理。
（五）技工、駕駛及工友之管理。
（六）現金、票據及有價證券之收支、登記、保管、移轉。
（七）收支款項報告之編製、薪津發放及規費收繳。
三、公共關係科：
（一）國會等機關之聯絡及協調事項。
（二）國會議事資訊與建言之蒐集分析及彙辦。
（三）國會關係文書之擬復及查核。
（四）立法院總質詢及施政報告等資料之彙編及協調。
（五）人民陳情之接待及協調。
（六）本署新聞之發布及聯絡。
（七）媒體及記者之聯繫及協助採訪。
（八）漁業新聞與輿情資料之蒐集及分析。
（九）漁業資料照片、幻燈片之蒐集、拍攝及建檔運用。
（十）其他有關漁業政令宣導事項。