養殖漁業組分設四科，各科管理下列事項：
一、養殖漁業科（一）養殖漁業發展政策規劃及擬訂。
（二）養殖漁業水土資源利用規劃及管理。
（三）養殖漁業環境改善計畫規劃、擬訂及審議。
（四）養殖漁業生產區規劃、推動及營運管理之督導。
（五）養殖技術之推廣及督導。
（六）養殖漁業產銷計畫之擬訂、推動及督導。
（七）陸上養殖漁業登記管理之規劃、推動及督導。
（八）海域區劃漁業權管理之規劃、推動及督導。
（九）養殖漁業天然災害預警、災情彙整及災後復養。
（十）養殖水產品生產安全、衛生管理及輔導。
（十一）配合辦理養殖水產動物防疫、檢疫事項。
（十二）基因轉殖水產動植物田間試驗規劃、管理及繁殖養殖管理。
（十三）其他有關養殖漁業管理事項。
二、漁民組織科（一）漁民、漁業團體目的事業與其組織功能之擬訂、策劃及督導。
（二）漁民團體業務與財務營運之擬訂、策劃及督導。
（三）漁民團體職員訓練之擬訂、策劃及督導。
（四）漁業推廣政策之擬訂、策劃及督導。
（五）漁家生活、漁民產銷班與福利改善之擬訂、策劃及督導。
（六）漁業貸款與保險業務之擬訂、策劃及督導。
（七）漁業天然災害救助金之核撥。
（八）漁民團體經濟事業之擬訂、策劃及督導。
（九）漁民活動中心之建設與管理之策劃、推動及督導。
（十）其他有關漁民組織及漁業推廣之輔導事項。
三、水產品安全科（一）水產品生產之品質安全管理之策劃、推動及督導。
（二）水產品標示與品牌建立之策劃、推動及督導。
（三）水產品認驗證之策劃、推動及督導。
（四）水產品加工、保鮮與品質提昇之策劃、推動及督導。
（五）水產配合飼料之登記、管理及督導。
（六）其他有關水產品安全事項。
四、市場行銷科（一）漁產品進出口制度及政策之研擬、協調。
（二）漁產品進出口管理之協調、聯繫及漁產品進出口同意事項。
（三）漁產品進口關稅修正之策劃及協調。
（四）兩岸經貿業務與外國人投資我國漁業之協調。
（五）水產品國內外市場拓銷與運銷業務之策劃、輔導及督導。
（六）活體水產動物首次進口之審查。
（七）漁產平準基金之策劃、運用及督導。
（八）魚市場之建設、經營與管理之策劃、推動及督導。
（九）其他有關市場及行銷督導事項。