遠洋漁業組分設五科，各科掌理下列事項：
一、國際漁事科：
（一）國際漁業合作及協定之策劃、推動。
（二）國際漁業組織業務政策研析、協調及聯繫。
（三）國際海洋保育事務之參與推動。
（四）國際漁業組織資訊交換及活動之參與。
（五）遠洋漁業相關政策、法令及計畫之推動執行。
（六）遠洋漁船海難通報及地方協調。
（七）遠洋漁業巡護計畫之協調及執行。
（八）遠洋漁業一般性違規處分及突發事件之協調。
（九）其他有關國際漁事工作及遠洋漁業管理事項。
二、遠洋漁業規劃科：
（一）遠洋漁業政策之研析及擬訂。
（二）因應國際漁業組織決議事項之政策規劃。
（三）雙邊漁業合作之策劃及推動。
（四）三大洋區洄游與跨界漁業對外合作之輔導及推動。
（五）三大洋區駐外漁業人員之後勤支援。
（六）遠洋漁業重大違規處分及涉外突發事件之政策協調。
（七）外籍漁船在臺建造輸出之管理。
（八）遠洋漁獲物衛生抽驗、漁船衛生評鑑基準之訂定、修正及執行。
（九）遠洋漁船漁業合作、國外基地、船員管理及其他遠洋漁業人民申請案件之審查。
（十）漁業觀察員之規劃、進用及管理。
（十一）遠洋漁船船位監控及漁船管理。
（十二）遠洋漁獲物統計資料之蒐集及彙整。
（十三）其他有關遠洋漁業規劃事項。
三、研究發展科：
（一）漁業科技政策、方案及計畫之研擬。
（二）漁業科技計畫年度施政成果報告及檢討之彙報。
（三）漁業科技計畫年度研發計畫之編審及管考。
（四）漁業科技計畫研發成果之保護及管理運用。
（五）產學合作計畫之推動及管考。
（六）漁業領域科技專案計畫之研擬策劃。
（七）漁業觀察員所蒐集資料之處理。
（八）國際漁業組織科學相關會議議題之擬議因應及研究計畫之規劃。
（九）涉外科技交流合作規劃及推動。
（十）其他有關漁業科技研究發展事項。
四、國際經貿科：
（一）國際經貿組織活動之參與、雙邊諮商及談判。
（二）區域性自由貿易協定之諮商及研議。
（三）國際經貿組織與會員政策研析及推動。
（四）國內相關部會國際經貿組織活動之協調、參與及推動。
（五）國際經貿組織相關專業之訓練及研習業務推動。
（六）國際經貿組織之資訊及資料交換。
（七）其他有關國際經貿組織業務事項。
五、海洋保育科：
（一）海洋保護區政策之擬訂及相關業務推動。
（二）氣候變遷及全球暖化因應策略規劃及相關業務推動。
（三）遠洋及沿近海特定海洋保育物種政策之擬訂、協調及督導。
（四）其他有關海洋保育業務事項。