第5條作物改良課掌理下列事項：一、農作物育種、新品種示範及原生種繁殖。二、農作物栽培管理技術、應用生物技術、採後處理與加工技術之研發、示範及推廣。三、優質安全農作物產品生產技術與體系之研發、示範及推廣。四、農作物天然災害之防範與復育技術之研發及推廣。五、植物與微生物遺傳資源之蒐集、保存及應用。六、植物組織培養技術之研發、應用及輔導。七、分子標誌技術之研發、應用與植物品種及物種鑑定服務。八、基因改造植物檢測技術之研發及服務。九、其他有關農作物改良事項。