本署設下列組、室、中心：
一、綜合規劃組，分三科辦事。
二、職業衛生健康組，分四科辦事。
三、職業安全組，分四科辦事。
四、職業災害勞工保護組，分三科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
九、資訊室。
十、北區職業安全衛生中心，分五科辦事。
十一、中區職業安全衛生中心，分五科辦事。
十二、南區職業安全衛生中心，分五科辦事。