第12條兩岸專案貨運包機、臺灣地區航空維修廠承攬大陸民用航空器在臺維修及臺灣地區民用航空器飛越大陸空域等事項，應依交通部訂定之國籍航空公司申請飛航兩岸專案貨運包機作業程序、大陸籍航空公司申請飛航兩岸專案貨運包機作業程序、國籍航空維修廠申請承攬大陸民用航空器在臺維修作業程序及國籍航空公司申請飛越大陸空域作業程序辦理。