航政機關得派員監督考核營運計畫之執行情形，船舶運送業未依營運計畫執行者，得扣減撥發補償款。
船舶運送業依第三條第二項規定，於公告期限內提出申請者，航政機關得依實際疏運情形酌發補償金額百分之一至五作為獎勵金；其配合本辦法之辦理情形，得列為年度績優船舶運送業表揚審核之參考依據。