自由港區完成開發興建後，申請人應向主管機關申請營運許可。
主管機關受理前項申請後，應會同有關機關實地會勘，並得提出改善建議，限期命申請人改善；屆期未改善者，由主管機關駁回其營運許可之申請。
自由港區採分期分區營運者，主管機關於分期分區會勘無虞後，分期分區許可其營運。