本辦法依自由貿易港區設置管理條例（以下簡稱本條例）第八條規定訂定之。
依本條例第六條或第七條第一項規定申請設置自由貿易港區（以下簡稱自由港區）之土地，其區位應符合下列各款要件之一：一、位於國際航空站、國際港口管制區域（以下簡稱海空港管制區）內者。
二、位於海空港管制區外，且與海空港管制區相連接寬度達三十公尺以上者。
三、位於海空港管制區外，因道路或水路穿越而與海空港管制區分隔，得以專屬通道連接，並與海空港管制區結合形成整體管制區域者。
四、位於海空港管制區外，與海空港管制區間得闢設長度一公里以內之專屬道路連接，且該專屬道路無其他聯外出口者。
五、位於海空港管制區外，與海空港管制區間，能運用科技設施進行周延貨況追蹤者。
前項第二款至第五款之土地，面積應達三十公頃以上或經國際航空站、國際港口管理機關（構）同意，與海空港管制區土地合併開發者。
自由港區周邊應設置足與外界隔絕之管制設施。
受理申請設置自由港區之機關如下：一、依本條例第六條規定提出申請之案件，為主管機關。
二、依本條例第七條第一項規定提出申請之案件，為國際航空站、國際港口之自由港區管理機關。
依本條例第六條或第七條第一項規定申請設置自由港區者，應檢具下列文件一式八份，以書面向前條受理機關提出申請：一、可行性規劃報告。
二、營運計畫書。
三、投資財務計畫。
四、位置圖、地籍圖、土地清冊、土地登記簿謄本、土地使用分區及編定類別證明。
五、申請人非土地所有權人時，應檢附土地使用同意書。
六、土地區位屬第二條第一項第二款至第五款之一，且需向土地主管機關申請劃設編定為適當用地者，其已提出申請之證明文件。
七、依「開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準」規定，應實施環境影響評估之自由港區開發者，其通過環評之證明文件。
前條第一款可行性規劃報告之內容，應包含下列事項：一、現況分析：既有自由港區範圍、基礎設施、進駐產業分析、營運現況及效能、與相關計畫開發配合情形。
二、設置需求分析：自由港區與腹地市場間之交通運輸（鐵公路及海空運航線）、產業關聯、發展之營運模式及區位分工。
三、設置計畫：設置（變更）自由港區範圍、基礎設施（含基本設施及相關公共設施、用水、用電量規劃）、土地使用、分期開發計畫（含分期分區之內容、期程、配置等說明）。
四、貨櫃（物）控管規劃：電子資料自動比對驗證及傳輸系統、貨櫃（物）運送控管機制。
五、管制規劃：交通系統動線規劃、門哨及管制區劃設與執行規劃。
六、防災及緊急應變計畫。
七、劃設範圍內已有廠商者，應就區內無法或無意願成為自由港區事業之原有廠商，另行提出管理規劃。
前條第四款貨櫃（物）控管規劃之內容，應包含設置適當之檢查場所及下列控管機制設施：一、電子資料自動比對驗證及傳輸系統：對於載運貨物入出自由港區之人員、車輛、貨櫃（物）及運送單證等資訊，能以電子資料自動比對驗證，並能將上述動態資訊，連結傳輸至貨櫃物動態資料庫。
二、貨櫃（物）運送控管機制：自由港區與他自由港區或海空港管制區間之貨櫃（物）運送，應採用科技設施或其他控管機制，有效監督貨櫃（物）入出區及運送期間之路徑、運輸狀況等動態訊息。
但未建立運送控管機制者，其貨櫃（物）應辦理通關後始得運送出區。
三、異常訊息處理機制：對於前二款之控管機制遇有異常狀況，能即時顯示異常訊息並有效通報各有關單位處理。
符合第二條第一項第五款要件之土地申請設置自由港區者，除依據前項規定辦理外，並應依本條例第三條第一款規定，設置科技電子追蹤控管設備，對入出區之貨櫃（物），進行全程之貨況追蹤。
各級審查機制應確實審查自由港區依前二項規定設置之檢查場所及控管機制設施，對於人員、車輛及貨櫃（物）入出自由港區之控管處理，符合快速便捷、安全維護、預防犯罪之基本需求。
第一項及第二項所定相關之單證及電子資料，應由自由港區管理機關保存一年。
依規定設置之檢查場所，得以自由港區內之貨櫃集散站查驗區或港區貨棧替代。
但申請人應協同管理機關規劃貨櫃（物）控管機制。
第四條第二款營運計畫書之內容，應包含下列事項：一、自由港區之營運組織。
二、自由港區之營運構想。
三、自由港區貨棧之設置。
四、招商計畫及未來經營特色。
第四條第三款投資財務計畫之內容，應包含下列事項：一、投資成本概估。
二、財務效益分析（含自償性分析、投資效益分析）。
三、經濟及社會效益分析。
海空港之自由港區管理機關受理設置自由貿易港區申請之審查程序如下：一、於受理申請書件證明齊備之次日起三十日內，舉行公聽會並完成初步審核。
二、經初步審核同意者，應報請主管機關審查；其有不合於申請劃設之資格、條件或確有管理上之困難者，應不予同意。
本條例第七條第三項所定確有管理上之困難，指有下列情形之一者：一、依該航空站或港口之運輸作業能量已呈飽和而無擴充之計畫。
二、無法提出適當之管理機關組織因應計畫。
三、其他執行本條例第九條所定職掌事項有窒礙難行之因素。
主管機關辦理自由港區申請設置案件之審查程序如下：一、於受理申請書件證明齊備之次日起十日內函請土地所在地之直轄市、縣（市）政府、財政部及相關機關於二十日內就其業管部分表示意見。
二、於接獲前款有關機關回復意見及劃設編定適當用地之核定後十五日內，完成初步審核。
三、初步審核同意者，應即選定管理機關並加具管理計畫書，核轉行政院核定。
初步審核對申請書件證明有補正意見或不予同意者，應即附具理由函復申請人。
前項第三款之管理計畫書應包括內容如下：一、自由港區管理機關組織。
二、自由港區管理運作與安全維護之規劃及執行。
三、自由港區結束營運後之善後處理機制。
經行政院核定設置自由港區者，其自由港區管理機關應即依本條例第四十五條第二項規定擬訂相關收費標準，並於核發營運許可時發布施行。
經行政院核定不予設置者，由主管機關述明理由函復申請人。
自由港區經核定設置後，申請人應依可行性規劃報告、營運計畫書及管理計畫書之內容，進行開發。
申請計畫變更者，應檢具第四條規定文件向主管機關申請核准，並報請行政院備查。
前項申請變更計畫之內容，涉及總目標改變、申設面積、時程調整達計畫面積或計畫時程之三分之一以上者，應由主管機關述明理由，報請行政院核定。
第二項申請變更事項，涉及其他目的事業主管機關職掌者，主管機關應先會商各該機關意見。
自由港區未按核定之開發興建期程完成興建，自全部或一部之期限屆至之日起逾三年，申請人仍未取得營運許可者，主管機關應命其限期改善；屆期不改善或改善無效，主管機關經報請行政院同意後廢止原核定。
依前項規定執行限期改善之處分時，應以書面通知，並載明下列事項：一、缺失之具體事實。
二、改善缺失之期限。
三、改善後應達到之標準。
四、屆期未完成改善之處理。
自由港區完成開發興建後，申請人應向主管機關申請營運許可。
主管機關受理前項申請後，應會同有關機關實地會勘，並得提出改善建議，限期命申請人改善；屆期未改善者，由主管機關駁回其營運許可之申請。
自由港區採分期分區營運者，主管機關於分期分區會勘無虞後，分期分區許可其營運。