第12條自由港區經核定設置後，申請人應依可行性規劃報告、營運計畫書及管理計畫書之內容，進行開發。申請計畫變更者，應檢具第四條規定文件向主管機關申請核准，並報請行政院備查。前項申請變更計畫之內容，涉及總目標改變、申設面積、時程調整達計畫面積或計畫時程之三分之一以上者，應由主管機關述明理由，報請行政院核定。第二項申請變更事項，涉及其他目的事業主管機關職掌者，主管機關應先會商各該機關意見。