秘書室得分科辦事，掌左列事項：一、文稿復閱及陳轉事項。
二、機要文電之收發、撰擬及保管事項。
三、重要工作報告之撰擬及彙報事項。
四、部務會報之準備、紀錄、整理及分行事項。
五、行政革新、業務改進之研究、推動及督導事項。
六、年度施政方針、施政計畫、施政成果及重要措施之彙報事項。
七、為民服務工作之推動、督導及考核事項。
八、本部所屬機構管制考核業務推動督導事項。
九、本部及所屬機構重要施政(業務)項目與交辦案件追蹤管制事項。
十、本部及所屬機關年度業務檢討與工作考成事項。
十一、公文處理時效之檢查、管制及稽催事項。
十二、公文處理簡化革新之研議事項。
十三、研究發展、管制考核、公文處理統計及資料收集彙報事項。
十四、本部及所屬機構研考業務績效之審議事項。
十五、本部分層負責及部屬機構代辦部稿之研訂事項。
十六、本部公報編輯事項。
十七、民意機構質詢、查詢、建議案件之分辦、彙復及協調聯繫事項。
十八、監察院調查，糾彈案件之分辦及追蹤考核事項。
十九、交通以外單位或外賓考察、訪問、參觀交通設施之安排及接待事項。
二十、新聞發布、協調及聯繫事項。
二十一、輿論建議批評之蒐集、研究、分析預判及改進情形追蹤考核事項。
二十二、民意調查之策劃督導事項。
二十三、交通各業公共關係之協調、督導及考核事項。
二十四、本部員工對本機關反應意見之轉達及答復說明事項。
二十五、一般民眾查詢及投書之答復處理事項。
二十六、部次長交辦事項。
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