申請案件獎勵金撥付方式如下：
一、取得專利：通過審查後，由申請人檢附申請專利相關費用憑證，向中央主管機關請領獎勵金。
二、技術研發：
（一）第一期款：通過審查後撥付獎勵額度之百分之十五。
（二）第二期款：經中央主管機關認可期中成果後，撥付獎勵額度之百分之十五。
（三）第三期款：經中央主管機關認可總成果後撥付獎勵額度之百分之七十。