依前條第一項規定辦理者，應依重大水利建設計畫財務規劃審查作業要點之補助比率及程序，審議後核定之；依前條第二項規定辦理者，應依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法之污水下水道工程補助比率及程序，審議後核定之。
為扶植發展再生水資源及考量地區水資源情勢，並配合國家整體發展維持區域供水穩定，中央主管機關及中央下水道主管機關得報行政院申請專案補助，不受前項補助比率之限制。