第二課職掌下列事項：
一、關於所轄區內事業限制輸出入貨品之審核簽證事項。
二、關於所轄區內事業戰略性高科技貨品之輸出核可及進口證明文件之核發事項。
三、關於所轄區內事業輸入經經濟部未公告准許輸入之大陸物品專案核准、轉售轉儲、及委外加工案件之核辦事項。
四、關於所轄區內事業原產地證明書及外貨復出口原產地證明書核發事項。
五、關於所轄區內事業免稅貨品輸往課稅區修理、測試、檢驗、委受託加工及提供勞務案件之核辦事項。
六、關於所轄區內事業免稅貨品、戰略性高科技貨品、大陸物品之稽核追蹤事項。
七、關於所轄在區內營業之事業應繳管理費之核算、開單及繳納稽核事項。
八、關於所轄貿易推展、外匯管理、資料蒐集及統計分析事項。
九、關於分處資訊業務事項。
十、關於國際經貿組織業務相關事項。
十一、關於外貿業務法令之修正、答詢事項。
十二、關於外貿業務相關單位之橫向連繫、協調事項。
十三、其他有關外貿業務事項。