保育課職掌如下：
一、集水區治理年度計畫之擬訂及執行。
二、治理工程用地取得相關事項。
三、計畫辦理工程測量、設計、發包、施工、監造、驗收及其他相關事宜。
四、申請施設水土保持案件之會辦。
五、工程施工技術之研究及改進事宜。
六、工程災害之緊急應變處理事項。
七、配合林業主管機關造林計畫之擬訂及執行。
八、其他臨時交辦事項。