本局局長綜理局務，副局長襄助局長處理局務，秘書綜理文稿及協助局長處理水利行政業務，並設下列各課、室：
一、企劃課。
二、水質課。
三、保育課。
四、管理課。
五、建管課。
六、秘書室。
七、人事室。
八、會計室。
九、政風室。