規劃課職掌如下：
一、經管河川治理、排水改善、海岸防護之調查規劃及相關研究發展事項之推動。
二、流域之整體治理規劃事項。
三、各項水文觀測之建置、資料蒐集、統計分析及成果報告編撰。
四、防汛及洪水預報資料之蒐集、統計、陳轉事項。
五、協助及督導各縣市政府辦理縣管河川治理及排水改善之規劃事項。
六、其他臨時交辦事項。