經管課職掌如下：
一、各標的用水分配、調度、仲裁及移用補償事項。
二、水資源營運合約訂定及經費核收業務。
三、水權登記及管理業務。
四、亢旱因應及停灌休耕補償事項。
五、水資源聯合運用方案研究及資料管理事項。
六、用水計畫書審查之相關事項。
七、溫泉水權登記及管理業務。
八、違規取水查處事項。
九、堰壩蓄水範圍初審及會勘業務。
十、其他臨時交辦事項。