第5條河川規劃課職掌如下：一、河川治理規劃、治理基本計畫及水道治理計畫線、堤防預定線之訂定。二、全國河川防災計畫之測量、規劃、研究及防災對策之研擬。三、全國河川水系洪水量分析及技術研究。四、河川生態多樣性及河川環境保全之專業調查、規劃及研究。五、河川泥沙運動及河川演變之研究。六、海岸變遷調查分析研究與海岸防護、保全之規劃、設計及研究。七、河川綜合治理、防災與海岸防護保全規劃、專業技術研究及改進事項。八、其他臨時交辦事項。