會計室職掌如下：一、水資源作業基金年度預（概）算之籌編及年度決算報告編送與公告事項。
二、預算執行之控制及原始憑證審核事項。
三、記帳憑證編製、會計帳簿登記、結算與會計報告之編送及公告事項。
四、會計憑證、帳簿、報表之整理、保管及報銷毀事項。
五、審計部查核本局財務收支與決算之處理及聲復事項。
六、歲出應付款申請保留及清理事項。
七、會計制度設計與修訂之擬議、財務上增進效能及減少不經濟支出之研究建議事項。
八、採購案件之監辦事項。
九、公款支付時限、財務管理及庫存現金之查核事項。
十、財務及財物管理內部審核事項。
十一、會計人員人事管理事項。
十二、統計資料調查、蒐集、整理、審核、編製及分析事項。
十三、其他有關歲計、會計及統計業務事項。
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