經營通關網路業者有下列情事之一者，由財政部依關稅法第八十二條規定，予以警告或處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可：
一、違反第十二條、第十八條或第二十條規定。
二、違反第十七條第一項關於依限提出營運及財務相關文件之規定；或違反同條項關於不得規避、妨礙、拒絕檢查之規定。