第25條經核准設立之專區業者，擅自變更其原有設施或設備，不符合第五條或第七條規定者，海關得依關稅法第八十七條規定，視情節輕重，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下海運快遞貨物通關之業務。