第5條本署設下列組、室：一、綜合規劃組，分四科辦事。二、通關業務組，分四科辦事。三、關務查緝組，分六科辦事。四、稽核業務組，分四科辦事。五、稅則法制組，分五科辦事。六、關務資訊組，分六科辦事。七、秘書室，分五科辦事。八、人事室，分三科辦事。九、政風室，分二科辦事。十、會計室，分三科辦事。十一、統計室，分三科辦事。十二、督察室，分四科辦事。