財政部關務署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
署長綜理署務，並指揮、監督所屬機關及人員；副署長襄助署長處理署務。
研究委員辦理關務政策及制度等專案之研究及其他交辦事項。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本署設下列組、室：一、綜合規劃組，分四科辦事。
二、通關業務組，分四科辦事。
三、關務查緝組，分六科辦事。
四、稽核業務組，分四科辦事。
五、稅則法制組，分五科辦事。
六、關務資訊組，分六科辦事。
七、秘書室，分五科辦事。
八、人事室，分三科辦事。
九、政風室，分二科辦事。
十、會計室，分三科辦事。
十一、統計室，分三科辦事。
十二、督察室，分四科辦事。
綜合規劃組掌理事項如下：一、國際關務相關業務之執行及國際組織活動之參與。
二、年度施政方針、年度施政計畫、中程施政計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、規劃及協調。
三、施政報告、重大個案計畫之管制、考核及評估。
四、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。
五、出版品之審核及評估。
六、特別關稅相關事項。
七、其他有關綜合規劃事項。
通關業務組掌理事項如下：一、通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
二、進口、出口、轉口、轉運貨物（櫃）通關業務。
三、快遞貨物通關業務。
四、郵遞物品通關業務。
五、出、入境旅客行李通關業務。
六、通關相關業者管理法規訂修之研議。
七、規費之徵收、代徵及邊境管理代辦事項。
八、關稅配額政策及法令之研擬。
九、優質企業制度之規劃及管理。
十、其他有關通關業務事項。
關務查緝組掌理事項如下：一、查緝政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
二、智慧財產權邊境保護業務之規劃、執行及督導。
三、國內外情資蒐集、分析、交流及走私漏稅密報案件之處理。
四、廠商風險管理基準之訂定、維護及執行，進出口報單篩選系統、其他風險資料庫與風險系統之建置、維護及運作。
五、風險分析、貨物移動安全及廠商守法評估作業。
六、邊境安全相關計畫之執行及督導。
七、緝毒犬培育及訓練業務之規劃及執行。
八、緝毒犬隊及嗅源管理業務之規劃、執行及督導。
九、其他有關關務查緝事項。
稽核業務組掌理事項如下：一、估價制度、法令之研擬及相關業務之督導。
二、進口貨物國內外價格資料庫之規劃及管理。
三、貨物估價預先審核案件之處理。
四、事後稽核業務之規劃、選案交查及欠稅案件之追蹤管控。
五、保稅政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及保稅區相關業務之督導。
六、自由貿易港區、其他免稅區之關稅政策、通關作業程序規劃、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。
七、其他有關稽核業務事項。
稅則法制組掌理事項如下：一、關稅稅率政策及制度之規劃。
二、進口稅則分類疑義之解釋及各關進口稅則預先審核案件之複核。
三、進口稅則、稅率之修正及機動稅率之研擬。
四、關稅減讓談判關稅議題之研議。
五、法規案件之審查、法規疑義之研議、闡釋及國家賠償案件之擬議。
六、其他有關稅則法制事項。
關務資訊組掌理事項如下：一、本署及所屬機關資訊應用服務策略之規劃、協調推動。
二、海空運進口與出口通關應用系統之規劃、設計及管理。
三、關務行政應用系統之規劃、設計及管理。
四、本署及所屬機關資訊應用環境之規劃、管理。
五、資訊預算之編列與管理、資訊推廣服務及教育訓練。
六、本署及所屬機關資訊資通安全之規劃、推動。
七、其他有關關務資訊事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、本署辦公廳舍等不動產之取得及管理配置。
四、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
五、公務行銷及政令宣導等有關事宜。
六、檔案庫房、關務圖書資料庫及海關博物館之管理。
七、工友（含技工、駕駛）之管理。
八、不屬其他各組、室事項。
本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
本規程自中華民國一百零二年一月一日施行。
本規程修正條文自發布日施行。