本中心設下列組、室：
一、綜合規劃組，分四科辦事。
二、國稅組，分五科辦事。
三、地方稅及徵課組，分五科辦事。
四、資通營運組，分五科辦事。
五、系統設計及資理組，分五科辦事。
六、電子發票組，分四科辦事。
七、秘書室。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、支援服務室，分二科辦事。