行政院為處理受裁判者之認定及申請補償事宜，得設財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會（以下簡稱基金會）；其董事由學者專家、社會公正人士、法官、政府代表及受裁判者或其家屬代表組成之。
受裁判者及其家屬代表不得少於基金會董事總額四分之一。
申請人不服基金會決定時，得依法提起訴願及行政訴訟。