中科院依本條例第四十四條規定解散時，所管理、使用之公有財產依其來源移交各級政府公產管理機關接管。
解散時公有財產有出租、借用、委託經營、利用或授權情形，應終止契約並收回。
監督機關應指定所屬單位會同中科院留守人員辦理後續財產收回、產籍註銷、移轉登記、管理機關或所有權機關變更登記等作業。