第11條為辦理第八條第一項第三款事項，執行單位應將一般研發成果之收入及支出單獨設帳管理，定期編製收支報表，送本部備查，並於會計制度內訂定有關一般研發成果之會計事務處理事項。執行單位應於內部稽核制度內增訂有關一般研發成果之稽核項目及程序，並確實執行稽核業務。