第9條主管機關之權責如下：一、訂定科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之政策、制度及中長程目標。二、核定主辦機關陳報之中長程計畫。三、綜理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之成效管考。四、管理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之相關資訊。五、核定合作或相互委託管制之項目。六、解釋或函請解釋相關法令。