鐵路運輸管制權責，區分如下：
一、聯合運輸指揮部：負責鐵路運輸作業運案之管制。
依國軍各單位鐵路運輸之需求，訂定配運計畫，完成運量與運能之獲得及運用。
二、國營臺灣鐵路股份有限公司（以下簡稱臺鐵）：配合軍事運輸納入管制，負責鐵路運輸輸具整備作業。
三、台灣高速鐵路股份有限公司（以下簡稱高鐵）：配合軍事運輸納入管制，負責高速鐵路運輸輸具整備作業。