本辦法依全民防衛動員準備法第十九條第三項規定訂定之。
動員實施階段，由國防部、交通部、內政部、國防部陸軍司令部（以下簡稱陸軍司令部）、國防部海軍司令部（以下簡稱海軍司令部）、國防部空軍司令部（以下簡稱空軍司令）部、國防部後備指揮部（以下簡稱後備指揮部）、國防部憲兵指揮部（以下簡稱憲兵指揮部）及其他相關機關派員編成聯合運輸指揮部，負責統籌管制運用陸、海、空軍軍事運輸作業、國外物資接轉及協同管制運用。
動員實施階段，各作戰區指揮部、防衛指揮部應協調轄區內直轄市、縣（市)政府、交通機關（構)、憲兵及警察機關派員編成聯合運輸指揮處，受聯合運輸指揮部之督導，負責轄區內相關交通運輸管制事項。
動員實施階段，各旅級單位得依需要派員編成運輸指揮組，受聯合運輸指揮部及聯合運輸指揮處之督導，負責轄區內相關交通運輸管制事項。
公路運輸管制權責，區分如下：一、聯合運輸指揮部：負責對區際部隊運動與運補車隊申請使用道路之核准及分配，並管制其運行。
監督與指導各聯合運輸指揮處之調節及管制作業。
二、聯合運輸指揮處：策劃執行轄區內運輸管制及公路交通之調節。
以動員編成公路調節隊，依調節之方法，執行交通管制，並負責轄區內道路、橋樑、隧道路線之調查管制作業。
三、運輸指揮組：執行轄區內公路交通之調節管制，並承聯合運輸指揮處之命令，協助友軍部隊機動，維護運補車隊通行之安全。
鐵路運輸管制權責，區分如下：一、聯合運輸指揮部：負責鐵路運輸作業運案之管制。
依國軍各單位鐵路運輸之需求，訂定配運計畫，完成運量與運能之獲得及運用。
二、交通部臺灣鐵路管理局（以下簡稱臺鐵）：配合軍事運輸納入管制，負責鐵路運輸輸具整備作業。
三、台灣高速鐵路股份有限公司：配合軍事運輸納入管制，負責高速鐵路運輸輸具整備作業。
水運管制權責，區分如下：一、聯合運輸指揮部：負責水運作業運案之管制。
依國軍各單位之水運申請，完成運量與運能之審查及港口設施之管制運用。
戰時依軍事需求，對港口有優先使用權。
二、交通部航港局：負責二十總噸以上商用船舶與民間水運作業機具之整備及配合軍事運輸之作業事宜。
三、行政院農業委員會漁業署：負責漁船（筏）之整備及配合軍事運輸之作業事宜。
四、海軍司令部：負責艦船（含已徵用之船舶、漁船（筏）機具）調派支援及各軍港、商港、工業港、漁港軍事運輸之管制作業。
空運管制權責，區分如下：一、聯合運輸指揮部：負責空運作業運案之管制。
依國軍各單位之空運申請，完成運量及運能之審查管制運用。
二、交通部民用航空局：負責民間空運作業、航空器整備及配合軍事運輸作業事宜。
三、空軍司令部：負責航空器（含已徵用之航空器、機具）調派支援與各軍用、民用機場軍事運輸之作業及機場設施之管制運用。
戰時依軍事需求，對機場有優先使用權。
公路運輸管制之路線及核定權責，區分如下：一、管制路線：由聯合運輸指揮部核定。
並依作戰地境，由各聯合運輸指揮處對轄區內優先使用公路之時間、空間作全面之管制。
二、監督路線：由聯合運輸指揮部核定。
對公路作必要之管制。
但可視狀況需要，改為管制路線。
三、循環路線：由各聯合運輸指揮處核定。
沿管制路線重要城市及交通要點之管制站(哨)，依路線管制之要求，作為轄區內之交通循環路線。
四、其他路線：由各聯合運輸指揮處、運輸指揮組核定。
指揮轄區內之憲兵、警察機關，對公路作必要之管制，並循指揮系統報備。
各聯合運輸指揮處應在轄區內派遣、配置公路調節站、交通管制站及交通巡邏，並依狀況，於各機場、港口完成管制作業，採取下列措施：一、在管制路線，得採取局部變更、優先順序、緊急改道及臨時交通封鎖等措施，並立即報告聯合運輸指揮部。
二、轄區內之交通標誌，必須變更或添置者，得報由作戰區指揮部或防衛指揮部洽請該地區交通主管機關辦理。
其臨時標誌，由各級憲兵單位設置之。
管制路線於實施管制期間，除經聯合運輸指揮部核准，得使用該路線之運輸車隊或行軍部隊外，其他車輛或行人，應依所在地交通管制站(哨)之指導及所採取之措施，行駛(走)於其他路線。
前項經核准使用管制路線之運輸車隊或行軍部隊，沿管制路線行進時，其指揮官仍須實施部隊管制。
但不得與地區之管制措施抵觸。
交通管制站(哨)於管制路線上，發現障礙時，應即協調公路調節站及有關單位迅速予以排除。
聯合運輸指揮處，依軍事運輸需要，協同管制臺鐵實施鐵路運輸作業，並負責協調交通機關搶修遭破壞之鐵道及設施。
海軍司令部、空軍司令部依需求完成整補計畫，凡經核定之水運、空運任務，其航線、時間，非經核准不得臨時變更。
擔任重要港口、機場、橋樑隧道與鐵道守護之部隊、憲兵、警察機關及民防團隊，應兼負交通管制勤務，並接受地區聯合運輸指揮處之指揮督導。
聯合運輸指揮部、各聯合運輸指揮處及各運輸指揮組相互間通信，由國防部就軍事及公、民營之通信設施，統一規劃建立及運用。
聯合運輸指揮部、各聯合運輸指揮處及各運輸指揮組於動員實施階段終止時解散之。