統帥旗使用規定如下：
一、室外懸掛：總統蒞臨各軍事機關、部隊、學校時，應懸掛統帥旗，離去時即行降下，其懸掛位置為：
（一）三根旗桿之旗台，國旗居中，統帥旗居右，空左旗桿。
（二）二根旗桿之旗台，國旗居右，統帥旗居左。
二、室內陳設：
（一）總統辦公室辦公桌之正後方陳設國旗與統帥旗，國旗居右，統帥旗居左。
（二）總統於軍事單位禮堂內主持各種典禮時，主席台之後方陳設國旗與統帥旗，國旗居右，統帥旗居左。
（三）統帥旗之旗桿長度與國旗一致，其顏色為銀白色，旗桿頂為金色矛形。
三、閱兵持行：總統主持閱兵大典，統帥旗於行閱兵式時，在大閱官座車前約十公尺處前導；於行分列式時，在大閱官後方約五公尺處持掌。
四、受禮台持掌：總統親臨機場迎（送）國賓時，統帥旗於受禮台左側持掌，外國元首旗則於受禮台右側持掌。
五、座車懸掛：總統座車懸掛統帥旗於車前右旗桿，如與國旗或外國元首旗並用時，則懸於前車左旗桿。