本院設董事會，置董事十一人至十五人，由國防部就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關代表。
其中國防部部長、經濟部次長與行政院國家科學委員會副主任委員為當然董事。
二、國防科技相關之學者、專家。
三、民間企業經營、管理專家或對本院有重大貢獻之社會人士。
前項第三款之董事不得逾董事總人數三分之一。
專任之董事不得逾董事總人數三分之一。
第一項之董事性別比例，不受行政法人法第五條第五項前段規定之限制。